SMK Swadhipa 2 Natar terbentuk pada 9 Juli 2000 di bawah naungan Yayasan Swadaya Himpunan Pemuda (SWADHIPA). Berdirinya SMK Swadhipa 2 Natar diprakarsai oleh Dr. H. Eddy Sutrisno, M.Pd beserta beberapa tokoh Pendiri Yayasan Swadhipa, tokoh masyarakat dan orang tua murid pada waktu itu dengan mendapat restu dari Kepala Daerah di Kabupaten Lampung Selatan. Dengan menyatunya berbagai visi, baiknya jalinan relasi serta koneksi, mendirikan SMK Swadhipa 2 Natar akhirnya terealisasi. Dibangun di tanah wakaf yang pemilik sebelumnya adalah Alm. Ismed Inonu, S.H dan Keluarga Edy Sutrisno, yang menuliskan surat wasiat dengan ringkasan isi suratnya mewasiatkan tanah yang kurang lebih 14898 m2 untuk dibangun panti asuhan, pondok pesantren, dan lembaga sosial lainnya. Sehingga tanah wakaf yang sebelumnya tanah merah dan banyak ilalang ini digunakan untuk membangun pondok pesantren, panti asuhan, serta sekolah. Sekolah yang dibangun di tanah wakaf itu adalah SMK Swadhipa 2 Natar yang kini kita kenal.
SMK Swadhipa 2 Natar ketika baru memulai belum memiliki kelas serta fasilitas ruang praktik sehingga kegiatan belajar mengajar angkatan pertama pada tahun 2000 harus menumpang di MTs. Raudlatul Jannah, yaitu sekolah madrasah tsanawiyah yang masih satu yayasan dengan SMK Swadhipa 2, yayasan SWADHIPA.